Het Officiele onstaan van de club, toen nog FC Heist dateert van 1923. Voordien heette de club 'De Stormvogels', maar in 1923 werd de naam FC Heist voor de eerste maal geregistreerd. Het toenmalige stamnummer is niet bekend. FC Heist behaalde zijn grootste successen in de jaren '35 - '36 in bevordering, vierde nationale.

Zoals bij vele clubs veranderde echter heel veel tijdens de oorlog. Gedurende de oorlogsjaren werd het terrein van FC Heist bezet door de Duitsers. Er moest dus een alternatief terrein worden gezocht. Uiteindelijk werkte FC Heist zijn thuiswedstrijden dan maar af op een weide, dat het huurde van een boer. Omdat FC Heist zijn oorspronkelijk terrein kwijt was, diende het bijgevolg hun stamnummer in te leveren.

Na de tweede wereldoorlog beschikte FC Heist opnieuw over hun terrein en konden ze zich opnieuw registreren. Dit gebeurde onder stamnummer 4465. In het jaar 1973 vroeg FC Heist de koninklijke naam aan. Dit kon de club omdat ze al vijftig jaar bestond. Sindsdien gaat FC Heist door het leven als KFC Heist dat in het jaar 1998 zijn vijfenzeventig jarige bestaan vierde.

Tijdens de jaren '90 beleefde KFC Heist enkele hoogdagen in eerste provenciale, maar gaandeweg zakte de club weg, met als dieptepunt degradatie naar vierde provenciale. Nu is KFC Heist al enkele jaren uitgegroeid tot een stabiele club dat elk jaar meestreed voor de titel in derde provenciale.  In het seizoen 2005-2006 dwong KFC Heist promotie af naar tweede provenciale en dit via de eindronde.